С 1985 года при институте функционирует аспирантура очной и заочной форм обучения, по специальностям:
- 4.2.4 - частная зоотехния, кормление, технология приготовления кормов и производства продукции животноводства (сельскохозяйственные науки)
- 4.2.5 - разведение, селекция, генетика и биотехнология животных (сельскохозяйственные и биологические науки)
Вступительные экзамены проводятся по следующим дисциплинам:
- история и философия науки;
- иностранный язык (английский, немецкий, французский);
- специальность (разведение, селекция, генетика, частная зоотехния).
Прием в аспирантуру проводится в течение календарного года.
С 1993 года в институте успешно работает диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям 4.2.4 и 4.2.5.