С 1985 года при институте функционирует аспирантура очной и заочной форм обучения, по специальностям:
06.02.07 - разведение, селекция и генетика сельскохозяйственных животных (сельскохозяйственные и биологические науки)
06.02.10 - частная зоотехния, технология производства продуктов животноводства (сельскохозяйственные науки)
Вступительные экзамены проводятся по следующим дисциплинам:

• история и философия науки;
• иностранный язык (английский, немецкий, французский);
• специальность (разведение, селекция, генетика, частная зоотехния).

Прием в аспирантуру проводится в течение календарного года.
С 1993 года в институте успешно работает диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям 06.02.07 и 06.02.10.