С 1985 года при институте функционирует аспирантура очной и заочной форм обучения, по специальностям: 06.02.07 - разведение, селекция и генетика сельскохозяйственных животных (сельскохозяйственные и биологические науки) 06.02.10 - частная зоотехния, технология производства продуктов животноводства (сельскохозяйственные науки) Вступительные экзамены проводятся по следующим дисциплинам:
история и философия науки;
иностранный язык (английский, немецкий, французский);
Прием в аспирантуру проводится в течение календарного года. С 1993 года в институте успешно работает диссертационный совет по защите докторских и кандидатских диссертаций по специальностям 06.02.07 и 06.02.10.